通常，饮用水的消毒是遏制流行病的一个重要方式。迄今为止，饮用水处理仍然非常重要。然而，消毒剂本身会和水里的有机物质(例如腐殖物质)、无机离子(溴化物)或有机微污染物(例如杀虫剂)发生反应，存在产生对人体健康造成危害的有机或者无机的副产物的风险。氯和有机物的反应仍然应用在一些饮用水系统中，这就导致一些致癌的含氯有机化合物像三卤甲烷和卤乙酸的产生。因此臭氧被很多国家应用在饮用水的消毒及去除有机物的处理上。这样，如果溴化物在处理之前就存在于水中，那么卤化有机化合物的产生就是唯一要解决的问题了。此外，被臭氧氧化的产物多数是生物可降解的，可以用生物活性滤池去除，只是有机氯化合物不可生物降解。臭氧的另一个优势是：特定的微生物病原体-像隐孢子虫这样在传统消毒过程中很难杀死的，会被臭氧去除掉。

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